El queso presenta un alto valor nutritivo ya que contiene la mayoría de los nutrientes de la leche, tales como proteínas, calcio, fósforo, zinc, vitamina D, riboflavina (B2) y  vitamina B12. Los procesos tecnológicos empleados en su elaboración mantienen el valor nutricional de la proteína de la leche, que se caracteriza por ser de fácil digestión y de alto valor biológico, debido a que presenta todos los aminoácidos esenciales para cubrir las necesidades de una persona. Se llaman esenciales porque deben ser aportados a través de la alimentación, ya que nuestro organismo es incapaz de sintetizarlos.

El contenido de  minerales en el queso es mayor que en la leche, destaca el calcio y fósforo, hasta 4-5 veces mayor en quesos frescos o blandos, 7-8 veces en quesos semiduros y hasta 10 veces en  quesos duros. De esta manera el queso, al igual que la leche, constituye  la fuente más importante de calcio. Este  mineral es esencial para los huesos y dientes, pero también es necesario para los músculos, sistema nervioso y corazón. Nuestro cuerpo no lo produce de forma natural y su consumo es fundamental para la prevención de la osteoporosis. En general los quesos de oveja y cabra tienen mayor contenido de calcio que los elaborados con leche de vaca.

Los quesos se caracterizan por su escaso contenido de lactosa (carbohidrato o azúcar de la leche), lo que facilita que exista una mayor aceptación para aquellas personas que presentan intolerancia a la lactosa. Además, este carbohidrato disminuye a medida que aumenta la maduración del queso.

Con respecto al contenido de grasa (30%), esta varía según el tipo y grado de curación del queso. Los quesos no fermentados, presentan mejor digestibilidad y menor contenido de grasas saturadas, menos calorías y colesterol. Los quesos de mayor curación, como el manchego, el gruyere, el emmenthal y el parmesano, presentan menor contenido de agua y mayor concentración de nutrientes, grasas, calorías, colesterol y sodio.

Estudios recientes demuestran que una de los aspectos saludables del queso es el contenido de ácido transpalmitoleico que está presente de manera natural en la grasa de  la leche proveniente de animales rumiantes como las vacas, ovejas y cabras. Este es  precursor de un ácido graso presente en la leche que es el ácido linoléico conjugado que posee actividades biológicas de interés, entre las que destaca que contribuye a mantener unos niveles normales de colesterol en sangre.

Destacar que en el caso de dislipidemia,  obesidad  o problemas cardiovasculares se deben consumir con moderación por el mayor contenido de grasa saturada  y sodio. Se aconseja seleccionar quesos bajos en sal, desnatados y frescos, ya que poseen menor cantidad de calorías, grasas saturadas, colesterol y sodio. En general la recomendación es consumir entre 40-60g diarios de queso curado al día equivalente a 2 o 3 láminas o 80g de queso fresco equivalente 2-3 rebanadas.